西暦20XX年。東京・湾岸地区一帯が国際テロリスト集団によって占拠され、野崎首相が人質に取られる事件が発生した。首謀者の海堂俊介は日本政府に対し、野崎首相と住民の身代金として800億ドルを要求してきた。これに対し、内閣調査室の粟田口次官は自身の指揮下にある対テロリスト殲滅チーム「シャム猫」の出動を提案した。しかし、国防軍のメンツを優先する国防大臣が横入りしたため、「シャム猫」は石動少佐率いる国防軍対テロリスト殲滅部隊「マイティードッグ」と共同作戦を張ることになった。協議の結果、「シャム猫」のジュンとナオミは有明原子力発電所の制圧を担当することになり、国防軍研究所の制圧を担当する石動とは別行動をとることになる。
        その頃、海堂は国防軍研究所の金子博士を確保していた。実は、海堂の狙いは国防軍が極秘に開発していた次世代兵器「アルテミス」の奪取であった。海堂の部下ミユキの拷問を受ける金子博士だったが、ジュンとナオミによって助け出される。金子博士は二人に、「アルテミス」の起動キーは孫の金子和彦であることを告げ、「孫を守って欲しい」と頼み込む。しかし、その情報を聞き出した海堂も和彦の確保に向かい、「シャム猫」は和彦の保護に失敗してしまう。和彦を手に入れた海堂は「アルテミス」を起動させ東京の破壊を目論み、ジュンとナオミは「アルテミス」の破壊を試みる。