第二会合,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从外部捣毁“母体”,他的身材在实在天下的飞船上陷于晕厥,思惟却被困在介于“母体”和实在天下的中央地带,这个处所由“火车人”掌握。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人晓得了尼奥的情形,在保卫天使的率领下, 找到了“火车人”的掌握者梅螺纹奇,经由一番激斗,将尼奥救了出来。此时,电子乌贼军队对锡安提议了激烈的进击,人类构造一切机甲兵士睁开倔强的抵御,情势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船战胜重重艰苦,达到机械都会,尼奥终究见到了机械天下的统治者“机械大帝”,两边会谈并杀青了协定:尼奥撤除不受“母体”掌握的史女士,以调换锡安的战争。在“母体”中,尼奥和史女士睁开了关联人类死活生死的最初决战。